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Articles scientifiques 2020

  1. Olivier Roupsard abc, Alain Audebert def, Adama P.Ndour f, Cathy Clermont-Dauphin gc, Yelognissè Agbohessou ch, Josias Sanou i, Jonas Koala j, Emile Faye kl, Diaretou Sambakhe f, Christophe Jourdan abc Guerricle Mairem b, LaureTall nc, Diaminatou Sanogo h, Josiane Seghier i, b, Laurent Cournac n, Louise Leroux op q. Agriculture, Ecosystems & Environment , Volume 296 , 1er juillet 2020, 1069281 juillet 2020, 106928. Dans quelle mesure objectif-t-il la culture en agroforesterie? Nouvelles méthodes d’analyse spatiale dans un parc de Faidherbia.
  2. A. Faye 1, *, ZP Stewart 2, *, K. Ndung’u-Magiroi 3, M. Diouf 4, I. Ndoye 5, T. Diope 5, Y. Dalpé 6, PVV Prasad 2 et D. Lesueur 7 , 8,9,10. Essais d’inoculants commerciaux pour améliorer l’absorption de P et le rendement en grain du soja promiscuité au Kenya. Durabilité 2020, 12, 3803; doi: 10.3390 / su12093803
  3. Olivier Roupsard abc , Alain Audebert def , Adama P. Ndour f , Cathy Clermont-Dauphin gc , Yelognissè gbohessou ch , Josias Sanou i , Jonas Koala j , Emile Faye kl , Diaretou Sambakhe f , Christophe Jourdan abc , Guerricle Maire mb , Laure Tall nc , Diaminatou Sanogo h , Josiane Seghieri b ,Laurent Cournac b , Louise Leroux opq . Dans quelle mesure l’arbre affecte-t-il la culture en agroforesterie? Nouvelles méthodes d’analyse spatiale dans un parc de Faidherbia
  4. Hodo-Abalo Tossim  1,2 , Joel Romaric Nguepjop  1,3 , Cyril Diatta  4 , Aissatou Sambou  1 , Maguette Seye  1 , Djibril Sane  2 , Jean-François Rami  5,6  et Daniel Fonceka  1,6,7, * . Évaluation de 16 CSSL d’arachide (Arachis hypogaea L.) dérivées d’un croisement interspécifique pour les caractéristiques de rendement et la composante de rendement: validation QTL.
  5. Kanfany G , DD, Serba, Rhodes D, Amand PS, Bernardo A, Gangashetty P, Kane NA et Bai G. nd «Diversité génomique dans les lignées consanguines du millet perlé dérivées de races locales et de variétés améliorées.» https://doi.org/10.21203/rs.2.23078/v1.
  6. Gaffney, Jim, Redeat Tibebu, Rebecca Bart, Getu Beyene, Dejene Girma, Ndjido Ardo Kane , Emma S. Mace, et al. 2020. «Le libre accès aux données de séquences génétiques maximise la valeur pour les scientifiques, les agriculteurs et la société.» Sécurité alimentaire mondiale. https://doi.org/10.1016/j.gfs.2020.100411.
  7. Jankowski, F, S Louafi, NA Kane, M Diol, A Diao Camara, J.-L. Pham, C Berthouly-Salazar et A Barnaud. 2020. «Des textes aux pratiques de mise en œuvre: définir des principes de recherche justes et équitables pour les ressources phytogénétiques en Afrique de l’Ouest.» Agriculture et valeurs humaines. https://doi.org/10.1007/s10460-020-10039-3.
  8. Kane, Ndjido Ardo et Cecile Berthouly-Salazar. 2020. «Génomique des populations de Pearl Millet». Suisse: In Rajora OP (ed). Génomique des populations: plantes cultivées. Springer Nature AG. https://doi.org/10.1007/13836_2020_80.
  9. M, Abrouk, Ahmed HI, Cubry P, Šimoníková D, Cauet S, Bettgenhaeuser J, Gapa L, et al. Sd «Le génome du fonio mil libère la diversité des cultures orphelines africaines pour l’agriculture dans un climat en évolution.» https://doi.org/10.1101/2020.04.11.037671.
  10. O, Diack, Kanfany G, Gueye MC, Sy O, Fofana A, Tall H, Serba DD, et al. Sd «GWAS dévoile des caractéristiques entre les millets de perles à floraison précoce et tardive.» https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-25381/v1. (Dans la presse).
  11. Vigouroux Yves et al. nd (2020). La vulnérabilité génomique du mil chandelle au changement climatique en Afrique de l’Ouest met en évidence la nécessité d’une collaboration régionale. doi: 10.5281 / zenodo.3970815. (Dans la presse)
  12. A. Grondin, P. Affortit, C. Tranchant-Dubreuil, C. de la Fuente Canto, C. Mariac, P. Gantet, Y. Vigouroux et L. Laplaze (2020) Les aquaporines sont les principaux contributeurs à la conductivité hydraulique des racines dans le mil chandelle (Pennisetum glaucum (L.) R.Br) .BioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/2020.05.13.094094
  13. MT Campbell, A. Grondin, H. Walia et G. Morata (2020) Exploiter les modèles de croissance génomiques pour étudier les réponses de croissance des pousses au déficit hydrique du riz. Journal of Experimental Botany doi: 10.1093 / jxb / eraa280
  14. T. Chevalier, M. Loireau, R. Courault, L. Chapuis-Lardy, T. Desjardins, C. Gomez, A. Grondin et al. Accord de Paris sur le climat: Promouvoir la science interdisciplinaire et les approches des partis pour la mise en œuvre à plusieurs échelles de la séquestration continentale du carbone (2020) Durabilité 12, 6715; doi: 10.3390 / su12176715
  15. Sarr A., A. Bodian, Gbedevi KM, Ndoye Ndir K., Oyatomi AO, B. Gueye, Foncéka D ., DIOP EAMC ., BM DIOP, Cissé N . et Diouf D., 2020. Analyses de la diversité génétique et de la structure des populations de parents sauvages et de niébé cultivé (Vigna unguiculata (L.) Walp) du Sénégal à l’aide de simples marqueurs de répétition de séquence. Journaliste de biologie moléculaire végétale. https://doi.org/10.1007/s11105-020-01232-z
  16. Bodian A. , B. Ouattara, Sarr A. , Gano B., MN Sall, Ndoye Ndir K., Cissé N . et Falalou H., 2020. Structure génétique et diversité des variétés locales de Sorgho bicolor (L.) moench des terres marginales de production de sorgho au Sénégal, reposant sur les marqueurs SSR. J. Plant Breed. Genet. DOI: 10.33687 / pbg.007.03.3204
  17. Joseph Sékou B. DEMBELE1,3, Boubacar GANO1,3 , Michel VAKSMANN4,6, Mamoutou KOURESSY2, Léonce Lamine DEMBELE2, Mohamed DOUMBIA2, Niaba TEME2, Diaga DIOUF3 et Alain AUDEBERT5,6 * . Réponse de huit variétés de sorgho à la densité des plantes et à la fertilisation azotée dans la zone soudano-sahélienne au Mali. Vol. 16 (10), pp.1401-1410, octobre 2020 DOI: 10.5897 / AJAR2020.15025
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Success story: Cas de réussite sur l’entreprenariat jeune en milieu rural, appui du programme Sustainable Intensification Innovation Lab (SIIL)

«Assurons la relève générationnelle»

 

Oumar Diop, Tassette (Thiès) 769405416 , Bénéficiaire de l’appui de l’appui: Engagement des jeunes en agriculture du programme Laboratoire d’innovation en intensification durable (SIIL).

Amadou DIOP: « Je suis devenu entrepreneur en maraichage et en production et vente de plantes horticoles.

Grâce à la formation et à l’accompagnement technique reçue, je suis présentement en plein production diversifiée de légumes et fruits. Je dispose d’une superficie totale de 9000 m2, mais j’exploite actuellement moins de 5000 m2 (1000 m2 de tomate, 500 m2 de piment et 2000 m2 d’oignon). Je produis également des épices (épinard, menthe) et de la laitue que ma femme commercialise » .

La formation sur les techniques de production en maraichage particulièrement celle des actions d’intensification et d’efficience dans l’exploitation m’a permis de doubler les résultats obtenus sur une unité de surface. J’exploitais jadis, une plus grande superficie en maraichage et la récolte n’était pas fameuse, car n’ayant pas suffisamment de moyens pour intensifier avec les intrants (engrais et amendement organique) et la main d’œuvre.

La campagne dernière m’a permis de réaliser un revenu brut de 910 000 Fcfa avec 91 sacs d’oignon (3640 kg) et 15 casiers de tomate. Avec une partie de l’argent, j’ai pu acheter 6 béliers pour embouche qui ont été revendus à l’approche de la Tabaski.

Grâce à cette formation, je suis devenu entrepreneur et je gagne bien ma vie avec l’appui de ma femme. Je compte installer un système d’irrigation goutte à goutte pour économiser l’eau qui renchérit mes coûts de production.

Aussi, mes activités de production m’ont permis de rester stable avec ma famille au village et je n’ai plus besoin d’aller à Dakar pour y travailler.

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Terminal drought efect on sugar partitioning and metabolism is modulated by leaf stay-green and panicle size in the stem of sweet sorghum (Sorghum bicolor L. Moench)

Thierry Klanvi Tovignan1,2 *, Hubert Adoukonou – Sagbadja2, Cyril Diatta1 , Anne Clément – Vidal3,4, Armelle Soutiras3,4, Ndiaga Cisse1 et Delphine Luquet3,4

Abstrait

Contexte: Les avantages de la persistance des feuilles pour le maintien des flocons de céréales dans le sorgho sous la sécheresse ont été largement démontrés. Cependant, son rôle dans la stabilité d’une double production (céréales, sucre de tige) de sorgho sucré de grande taille reste à élucider. Cette étude visait à l’analyseur l’impact d’une sécheresse post-anthèse sur l’accumulation de sucre le long des entre-noeuds de tige dans le sorgho ouest-africain doux et grand avec des capacités variables de persistance des feuilles et de rendement en céréales.

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Des variétés d’arachide à grosses graines et longues gousses

L’ISRA, à travers son Centre Régional d’Excellence sur les céréales sèches et légumineuse, développé des variétés d’arachide à grosses graines et longues gousses, issues de croisement entre l’arachide sauvage et l’arachide cultivée.
Ce travail contribue à «l’évaluation de 16 CSSL d’arachide (Arachis hypogaea L.) dérivées d’un croisement interspécifique pour le rendement et les caractéristiques des composantes du rendement: Validation QTL».
Les résultats de cette recherche peuvent être exploités à deux niveaux pour le compte du paysan
Premièrement, les deux génotypes trouvés (12CS_031et 12CS_069) dont l’une présente de longues gousses et graines et l’autre de grosses gousses et graines ont déjà fait l’objet de l’homologation et c’est ce qui a abouti aux variétés RAFET KAAR et TOSSET. Elles sont déjà dans le circuit de production, donc arriveront bientôt chez les paysans si les acteurs de la filière accélèrent le processus de production des semences.
Deuxièmement, les deux variétés RAFET KAAR et TOSSET peuvent être croisées pour obtenir une nouvelle variété qui aura des gousses et des graines plus longues et grosses que celles des deux parents. Et nous avons aussi fait ce travail et nous avons obtenu une variété qui est la Pyr1-370 qu’on n’a pas encore homologué.
Pour que les producteurs / paysans adoptent ces nouvelles variétés, il faudra un grand travail de vulgarisation qui doit être assuré par les services de l’État comme l’ANCAR, la DRDR et des organisations paysannes comme celle de RESOPP. D’ailleurs c’est ce travail que nous avons commencé avec le RESOPP en installant des essais de démonstration chez les paysans dans plusieurs sites. Des visites de champ seront organisées dans chaque zone pour un groupe de paysans afin de leur présenter ces variétés et qu’en retour qui donnent leur avis. Voilà comment on peut procéder pour faire adopter ces nouvelles variétés par les paysans.

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Production de semences d’hybrides de mil au CERAAS

L’ISRA, à travers son centre régional d’excellence, travaille à développer des variétés des céréales sèches et des cultures associées qui sont hautement productives, adaptées aux conditions arides et répondant au besoins des acteurs des chaînes de valeur. Ainsi, les chercheurs du CERAAS et du CNRA de Bambey ont développé une variété hybride de mil qui’ils viennent de récolte au niveau de la ferme semencière du CRE ISRA/ENSA, localisée à Thiès. Cet hybride est le premier d’une série de variété issues de ce programme et que l’ISRA compte bien homolguer aux bénéfices des agriculteurs et des acteurs de la chaîne de valeur du mil au Sénégal et partout où cette culture est conduite.

Photos: Variété de mil hybride sélectionné à partir des accessions locales du SÉNÉGAL pour ses performances aux conditions locales et ses caractéristiques de grains (Crédits: O. Sy, G. Kanfany et N A. Kane, Projet GenMIL)

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Appel Bourse DAAD

La sélection de candidtat.e.s aux bourses DAAD initialement prévue   le 31 MAI 2020, a été reportée à une date ultérieure et que le CERAAS regrette de n’avoir pas pu répondre à toutes les sollicitations d’informations sur la bourse durant cette période de Covid-19.

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Rôle de la Diversité Intraspécifique sur la Productivité et la Stabilité des Agrosystèmes en Afrique de l’Ouest

Dr Ndjido Kane Chercheur ISRA- CERAAS – Dir CERAAS

Face aux défis majeurs que représentent la demande alimentaire croissante et les changements climatiques ; l’aptitude de l’agriculture sub-saharienne à subvenir aux besoins des populations dépendra de sa capacité de résilience et d’adaptation. L’intensification dite « écologique » de l’agriculture en Afrique de l’Ouest semble être la stratégie la plus appropriée pour permettre l’adaptation et la résilience de ces agrosystèmes malgré un milieu défavorable et un faible recours aux intrants. Le rôle de la diversité au niveau intraspécifique dans les fonctionnements des agrosystèmes n’a été jusqu’ici que peu étudié. Son importance pour des caractères simples comme la résistance aux maladies dans les agrosystèmes a été validée, mais cela reste à faire pour des caractères comme la stabilité du rendement notamment en conditions de ressources limitées. Read More

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Plateforme Bio-informatique

SERVICES

  • Cluster de calcul       
  • 02 nœuds de calcul
  • 144 cœurs
  • 1 Terra de RAM
  • 3,7 terra en espace disque
  • Analyse de données de séquençage
  • Contrôle qualité sur les fichiers séquençage
  • Mapping des reads sur un génome/transcriptome de référence
  • SNPs calling : détection de marqueurs SNPs
  • Filtrage en fonction de la qualité des SNPs ( quality filtring )
  • Analyse poste-bioinformatiques ( Galaxy, R, Python, etc.)
  • Formation
  • Administration de clusters haute performance
  • Analyse bioinformatique de données séquentielles
  • Analyse d’image et IA
  • Segmentation d’images
  • Détection de contours par amélioration de contraste
  • Conversion d’images en plusieurs espaces de couleurs (HSV, LAB, etc )
  • Débruitage avec plusieurs filtres (Laplacien, Transformée de Fourrier, etc)
  • Extraction de feautres (HOG,transformées de hough,haar,Radon,..)
  • Analyse de données spatiales et géostatistique
  • Calcul d’indices de végétation à partir d’image de drone et de satellite.
  • Développement de modèles de machine learning /deep learning                    
    En construction……..
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Plateforme Biochimie

Le laboratoire de biochimie permet d’appuyer la sélection de variétés de céréales sèches et cultures associées, adaptées aux stress abiotiques et biotiques ainsi que des variétés ayant des qualités nutritives améliorées. Cette sélection se fait par l’identification et ou la quantification de molécules (enzymes, métabolites, minéraux etc . ) qui confèrent des traits d’intérêt agronomiques.

Principales Activités

  • Extraction et quantification de marqueurs biochimiques (proline, malonaldehyde) de stress
  • Extraction et dosage de protéines
  • Extraction et dosage de chlorophylle
  • Mesure d’activités enzymatiques impliquées dans la réponse des plantes face aux stress abiotiques et biotiques
  • Évaluation de la digestibilité des protéines du grain de sorgho
  • Localisation tissulaire de fer et de zinc dans le grain de mil et de sorgho

Principaux équipements

Accueil

La plateforme  accueille des chercheurs et des étudiants pour de la formation. Ces formations se font à deux niveaux :

  • Des formations de longues durées en partenariat avec les institutions universitaires pour des étudiants en doctorat, master ou licence
  • Des formations de type courtes durées ou modulaire

Responsable : Dr  Khalil Kane

Contact: Khalil.kane@isra.snkanekha@gmail.com

Tel : (221) 339514993

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Plateforme génotypage

Le laboratoire de biologie est un outil qui  permet de déterminer le génotype des plantes à l’aide de marqueurs moléculaires, c’est-à-dire d’identifier les variations alléliques à un locus donné à partir d’ADN de bonne qualité. Cette plateforme permet aux chercheurs de mener des recherches sur deux thématiques principales :

  • l’étude de la diversité génétique des plantes,
  • la Sélection Assistée par Marqueurs.

Principales Activités

  • extraction d’ADN ;
  • l’utilisation de la réaction de polymérisation en chaîne de molécules d’ADN (PCR) ;
  • Utilisation d’un système semi-automatique de séparation et de visualisation des molécules, le séquenceur ;
  • Le LightCycler pour l’étude d’expression de gènes et le génotypage avec utilisation de marqueurs SNP.

Principaux équipements

  • Hotte extractrice
  • Centrifugeuses
  • Thermocycleurs
  • LightCycler96
  • Séquenceur LiCor

Accueil

La plateforme  accueille aussi des chercheurs et des étudiants pour de la formation. Ces formations se font à deux niveaux :

  • Des formations de longue durée en partenariat avec les institutions universitaires pour des étudiants en doctorat, master ou licence,
  • Des formations de type courtes durées ou modulaires