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Appel Bourse DAAD

La sélection de candidtat.e.s aux bourses DAAD initialement prévue   le 31 MAI 2020, a été reportée à une date ultérieure et que le CERAAS regrette de n’avoir pas pu répondre à toutes les sollicitations d’informations sur la bourse durant cette période de Covid-19.

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Plateforme Bio-informatique

SERVICES

  • Cluster de calcul       
  • 02 nœuds de calcul
  • 144 cœurs
  • 1 Terra de RAM
  • 3,7 terra en espace disque
  • Analyse de données de séquençage
  • Contrôle qualité sur les fichiers séquençage
  • Mapping des reads sur un génome/transcriptome de référence
  • SNPs calling : détection de marqueurs SNPs
  • Filtrage en fonction de la qualité des SNPs ( quality filtring )
  • Analyse poste-bioinformatiques ( Galaxy, R, Python, etc.)
  • Formation
  • Administration de clusters haute performance
  • Analyse bioinformatique de données séquentielles
  • Analyse d’image et IA
  • Segmentation d’images
  • Détection de contours par amélioration de contraste
  • Conversion d’images en plusieurs espaces de couleurs (HSV, LAB, etc )
  • Débruitage avec plusieurs filtres (Laplacien, Transformée de Fourrier, etc)
  • Extraction de feautres (HOG,transformées de hough,haar,Radon,..)
  • Analyse de données spatiales et géostatistique
  • Calcul d’indices de végétation à partir d’image de drone et de satellite.
  • Développement de modèles de machine learning /deep learning                    
    En construction……..
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Plateforme Biochimie

Le laboratoire de biochimie permet d’appuyer la sélection de variétés de céréales sèches et cultures associées, adaptées aux stress abiotiques et biotiques ainsi que des variétés ayant des qualités nutritives améliorées. Cette sélection se fait par l’identification et ou la quantification de molécules (enzymes, métabolites, minéraux etc . ) qui confèrent des traits d’intérêt agronomiques.

Principales Activités

  • Extraction et quantification de marqueurs biochimiques (proline, malonaldehyde) de stress
  • Extraction et dosage de protéines
  • Extraction et dosage de chlorophylle
  • Mesure d’activités enzymatiques impliquées dans la réponse des plantes face aux stress abiotiques et biotiques
  • Évaluation de la digestibilité des protéines du grain de sorgho
  • Localisation tissulaire de fer et de zinc dans le grain de mil et de sorgho

Principaux équipements

Accueil

La plateforme  accueille des chercheurs et des étudiants pour de la formation. Ces formations se font à deux niveaux :

  • Des formations de longues durées en partenariat avec les institutions universitaires pour des étudiants en doctorat, master ou licence
  • Des formations de type courtes durées ou modulaire

Responsable : Dr  Khalil Kane

Contact: Khalil.kane@isra.snkanekha@gmail.com

Tel : (221) 339514993

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Plateforme génotypage

Le laboratoire de biologie est un outil qui  permet de déterminer le génotype des plantes à l’aide de marqueurs moléculaires, c’est-à-dire d’identifier les variations alléliques à un locus donné à partir d’ADN de bonne qualité. Cette plateforme permet aux chercheurs de mener des recherches sur deux thématiques principales :

  • l’étude de la diversité génétique des plantes,
  • la Sélection Assistée par Marqueurs.

Principales Activités

  • extraction d’ADN ;
  • l’utilisation de la réaction de polymérisation en chaîne de molécules d’ADN (PCR) ;
  • Utilisation d’un système semi-automatique de séparation et de visualisation des molécules, le séquenceur ;
  • Le LightCycler pour l’étude d’expression de gènes et le génotypage avec utilisation de marqueurs SNP.

Principaux équipements

  • Hotte extractrice
  • Centrifugeuses
  • Thermocycleurs
  • LightCycler96
  • Séquenceur LiCor

Accueil

La plateforme  accueille aussi des chercheurs et des étudiants pour de la formation. Ces formations se font à deux niveaux :

  • Des formations de longue durée en partenariat avec les institutions universitaires pour des étudiants en doctorat, master ou licence,
  • Des formations de type courtes durées ou modulaires
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Plateforme Physiologie

La plateforme de phénotypage du CERAAS/ISRA est un ensemble d’infrastructures, d’équipements et de méthodes adéquates pour étudier les relations sol-plante-atmosphère afin de définir les mécanismes d’adaptation de la plante à la sécheresse et autres contraintes abiotiques. Elle permet l’identification des critères pertinents d’adaptation des plantes aux contraintes abiotiques et la sélection de variétés résilientes au changement climatique.

Équipements  écophysiologiques, méthodes et infrastructures pour études des relations sol-plante-atmosphère.

  1. Équipements écophysiologiques                                    

Processus de Photosynthèse :

  • Licor 6400
  • CI 340 Photosynthesis System
  • Poromètres modèles SC-1 Décagon
  • FluorimètresHandy PEA et PAM 2500
  • SPAD-502 Konica Minolta
  • Téléthermomètre Infrarouge Quicktemp
  • Camera Infrarouge Fluke Ti200

Potentiel hydrique et eau dans la plante :

  • Chambres à pression modèle Plant Water Status Console
  • Osmomètres WESCOR et VAPRO

Couvert végétal :

  • Planimètre Licor
  • Ceptomètres modèles Decagon et SunScan
  • LAI 2000

Système racinaire :

  • Scanner Epson Expression 10000 XL et logiciel WinRhizo

Paramètres édapho-climatiques :

  • DIVINER

  • Thermocouples Hobo
  • Hygro-thermomètres Hobo
  1. Méthodes

Contenu relatif en eau

Le CRE est une caractéristique de l’état hydrique de la plante via l’état de turgescence ponctuelle des feuilles par rapport à leur turgescence potentielle. Un protocole et l’outillage sont disponibles.

Dry-down

Méthode pour appliquer un stress hydrique progressif en pot avec

des mesures de la transpiration par

pesée. Un protocole et un template Excel pour la gestion de l’irrigation et des pesées sont disponibles.

Mesures racinaires in situ

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  1. Infrastructures

Système lysimétrique

C’est un ensemble de tubes (700 fonctionnels, un total disponible de 1000) de 25 cm de diamètre et de 1,5m de hauteur, installés dans des fosses avec un système de pesées adéquat.

Rhizotubes

Ce sont des tubes de 1 m fendus verticalement et équipés d’une plaque en plexiglas transparente. Ils permettent d’observer le système racinaire en développement sans destruction.

Parcelles expérimentales en station

12 ha de parcelles entretenues sont disponibles au CNRA de Bambey, avec un système d’irrigation en rampes oscillantes permettant une irrigation homogène. Le sol est sablonneux à sablo-argileux et un enfouissement régulier de la biomasse y est pratiqué pour homogénéiser les parcelles et maintenir leur fertilité.

  1. Modalités d’accès à la plateforme
    • Un entretien préalable avec les membres de la plateforme afin de définir les besoins à votre problématique. Suite à l’entretien, les demandeurs doivent écrire au Directeur du CERAAS pour avoir son accord quant à la prestation sollicitée.
    • Une réservation est obligatoire auprès des coordinateurs de la plateforme en transmettant un protocole et/ou un planning des mesures.
    • Les équipements sont sous la responsabilité des ingénieurs et techniciens de la plateforme qui sont en charge d’effectuer les mesures pour la pérennité des outils. En sollicitant un équipement, il faut donc prévoir la prise en charge du personnel si le travail ne se fait pas sur site.
    • Pour les équipements utilisant des consommables, un cout sera fixé pour l’achat ou la compensation des produits.

Coordinateurs :

Bassirou Sine ; bassirou.sine@gmail.com ; Tel: (+221) 33 951 49 94

Marème Niang Belko ; agromareme@gmail.com ; Tel: (+221) 33 951 49 94

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Compréhension de la réponse des plantes aux stress biotiques et abiotiques

Des travaux, conduits au niveau de la plante, permettent de comprendre les différentes stratégies mises en œuvre lors d’une contrainte hydrique. La plante, sous l’effet d’un stress hydrique, exprime une réponse que l’on peut caractériser par de nombreux paramètres. Le but de ces recherches est identifié parmi ces paramètres ceux qui obtiennent mieux et plus vite les individus et les lignées les plus résistants à la sécheresse en termes de stabilité de production en conditions sèches variées.

Le Ceraas poursuit les travaux sur l’étude des critères classiques comme les caractéristiques des échanges gazeux foliaires et de la fluorescence chlorophyllienne, l’état de l’eau dans la plante et l’activité de certaines enzymes (péroxydases, hydrolases…).
L’interaction avec la nutrition minérale est également prise en compte, afin de contrôler la pertinence des paramètres identifiés en conditions de nutrition minérale non limitante, lorsque les sols sont plus pauvres. On se limite cependant à l’interaction du déficit hydrique avec la nutrition azotée et phosphorée.

Une échelle cellulaire et moléculaire, une attention particulière est répartie au comportement des structures cellulaires et notamment des membranes chloroplastiques et vacuolaires. En effet, le maintien de l’intégrité des membranes cellulaires en cas de stress hydrique est un des caractères universellement reconnus dans l’explication de la tolérance des plantes à la sécheresse. Cette intégrité dépend de l’activité de certaines enzymes hydrolytiques et protéolytiques du catabolisme. L’ampleur de la réponse est fonction du degré de sensibilité de la plante et de sa capacité à mettre en œuvre des mécanismes de défenses par l’action des inhibiteurs de protéases et des anti-oxydants.L’objectif est d’identifier de nouveaux critères d’adaptation, beaucoup plus précis, plus rapidement repérables et plus fiable que ceux dont on ne dispose pas actuellement.

Le Ceraas s’intéresse également aux associations plantes / micro-organismes des sols (mycorhizes et bactéries), partant de l’hypothèse qu’une des voies possibles de recherche pour augmenter le rendement des plantes sous déficit hydrique pourrait être de trouver les moyens d ‘améliorer cette association grâce à des typologies de micro-organismes en conditions de stress.