Plateforme Bio-informatique

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Plateforme Bio-informatique

SERVICES

  • Cluster de calcul       
  • 02 nœuds de calcul
  • 144 cœurs
  • 1 Terra de RAM
  • 3,7 terra en espace disque
  • Analyse de données de séquençage
  • Contrôle qualité sur les fichiers séquençage
  • Mapping des reads sur un génome/transcriptome de référence
  • SNPs calling : détection de marqueurs SNPs
  • Filtrage en fonction de la qualité des SNPs ( quality filtring )
  • Analyse poste-bioinformatiques ( Galaxy, R, Python, etc.)
  • Formation
  • Administration de clusters haute performance
  • Analyse bioinformatique de données séquentielles
  • Analyse d’image et IA
  • Segmentation d’images
  • Détection de contours par amélioration de contraste
  • Conversion d’images en plusieurs espaces de couleurs (HSV, LAB, etc )
  • Débruitage avec plusieurs filtres (Laplacien, Transformée de Fourrier, etc)
  • Extraction de feautres (HOG,transformées de hough,haar,Radon,..)
  • Analyse de données spatiales et géostatistique
  • Calcul d’indices de végétation à partir d’image de drone et de satellite.
  • Développement de modèles de machine learning /deep learning                    
    En construction……..

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